智能卡有着严密的安全保护措施，数据传输的隐蔽性高，无论是在生产，传输，发行，使用，销毁中，都有着严密的安全保密机制。芯片在制作生产中，芯片技术，制作工艺被加密，防止被泄露，从生产商运输到开发商，采用密钥保护确保安全性。从开发商到用户开户中，需要写入发行者的密钥，描述特征，持卡人的信息，个人认证码。在使用过程中，要进行内部和外部双重认证，确保持卡人的合法性，可以进行多次发行使用，当不在使用的时候，要在安全的环境中进行销毁，避免被非法使用。
       系统的安全保护，有系统认证，c/r认证，pin认证，数据加密，数字签名等多种方式，系统认证是在应用系统启动时，系统向读卡器发出复位操作指令，通过读卡器对密钥进行上电，按照密钥卡的类型写入不同的字母，系统做出判断，观察是否正确。
       C/R认证，是用来检测智能卡的合法性，首先向密钥卡发出随机命令，获取随机数，使用des算法加密解密，对于该过程中发送的随机数进行比较，相同则匹配成功，智能卡是合法的，接下来判断持卡人是否合法，采用pin认证，采用数字签名的方式来观察数据传输的可靠性。